Всё ещё запутанно и мало данных, но прежде всего тебе лучше взять три отдельных внутренних харда с SATA3 (RPM 7200) и памятью 64MB. На каждом по базе данных и на третий сливаются те 7-40 гигов из первого пункта. Материнку с поддержкой USB3 и внешний хард USB3. Чем больше ядер на процессоре, тем лучше для мультитаскинг операций.
P.S. Если денег не жалко, то можно и SSD диски купить, уже продают на 256 гигов, но дорого. Вообще летать будет при записи туда-обратно.