Michael Rousine, Альянс поглотил миры Конфедерации и предоставил "чистым" представителям право получить гражданство. Людям с имплантами тоже предоставили возможность остаться на территории Альянса, удалив имплант. Несогласных сослали на край заселенного космоса.

Насчет религий: ты абсолютно прав, основная религия - это именно общаяя авраамическая религия (по обрядовости и философии ближе всего к христианству) с упором на чистоту человеческого генома. Мы не видим здесь противоречия, так как знакомое нам христианство тоже проходило через немалое количество достаточно противоречивых и агрессивных периодов.
Другие религии разрешены на территории Альянса в разумных пределах (то есть, в том случае, если религия не заставляет человека нарушать законы Альянса, не призывает его бунтовать против власти и прочие безобразия нарушать).