Юля, ты сама ответила на свой вопрос. Что поезда, прибывшие из России, не отличаются комфортабельностью, мне казалось столь очевидным, что я не стал акцентировать это во вводной. Можно предположить, что большая часть поезда состояла таки из теплушек, кое-как приспособленных под пассажирские нужны. Купе, если они и были, явно были набиты под завязку. Поездов ведь мало, тем более на Украину, когда будет следующий - неизвестно. Для многих наших персонажей главное - сесть, уехать поскорей, а теснота и бардак дают шанс избежать проверки. Что касается дороги, то ехали, с учетом кружения по Украине и вообще военного времени, скорее всего несколько дней. Вряд ли больше недели - у нас все-таки конец сентября, а уезжают многие в связи с событиями начала месяца.
Что касается станции отправления, то поезда из Петрограда шли, как и было сказано, через Москву. Так что сесть можно было и в Петрограде, и в Москве, и на других станциях по пути. Таким образом большая часть едущих из России персонажей оказываются в одном поезде, что удобнее с точки зрения сюжета игры.
Не следует забывать о других поездах, проезжающих через Знаменку. Из Одессы, например. Они могли быть более комфортными и менее переполненными - все-таки на Украине относительно спокойно.

Условия железнодорожного следования в этот период красочно показаны в фильмах "Свой среди чужих, чужой среди своих" и "Адьютант Его Превосходительства". Кстати, в обоих случаях дело кончилось нападением "зеленых", так что нашим персонажам еще повезло...